夜奔的故事是關於方幼宜和紀臨舟兩人的婚姻經歷。他們在初次相遇後迅速結婚，並定居到一起，但是他們之間的愛情似乎不太真心實意。他們的關係始終保持着一種輕蔑的氣息，他們只會在必要時進行性行爲，其他時候則是分開生活。
一開始，他們保持着一個平靜的生活模式，每個人都在自己的工作中度過白天，而晚上則分開睡眠。然而，方幼宜始終沒有放棄對紀臨舟的愛，但她也明瞭自己想要離開他。因此，她打算將離婚協議書遞給他。
然而，在一次半夜的意外事件中，方幼宜和紀臨舟之間出現了新的動態。紀臨舟當時沒有表現出任何情感，但突然吻過方幼宜。這讓方幼宜感到驚訝，她開始思考自己是否是唯一一個被他愛上的女性。
隨後，他們收到了一條重要消息，方家受到襲擊，僅有他們的母親和妹妹被害。紀臨舟決定幫忙調查事故原因，並且要求方幼宜在事故發生前與他一起回到故鄉。方幼宜接受了他的請求，儘管她曾經對他很不滿意，但她也明白這是一次偶然機會。
然而，隨着他們的調查，他們卻發現出了許多詐騙和弊端。他們開始懷疑有人在故障事故中利用他們的母親和妹妹來爲自己謀利。方幼宜開始懷疑她的父母是否有任何隱祕的行爲，這讓她感到迷惑。
隨後，紀臨舟要求方幼宜娶他的外甥，即方家的繼女。這讓方幼宜非常困惑，因爲她之前從未見過這個女孩，並且也沒有瞭解到這一事實。然而，她仍然接受了他的請求，以獲得更多的幫助來調查事故原因。
然而，隨着他們的研究，他們開始瞭解到，紀臨舟在過去曾經有過一個祕密的經歷。在五年前，他當了一個神父，在禱告室內抽菸，並表白他對另一個男性的感情。這個過去的經歷讓他變得更加複雜，而方幼宜也開始瞭解到，自己真正所愛的人是誰。
然而，這樣的發展讓方幼宜感到尷尬，因爲她之前從未認識過這位神父。在她之前，她只是聽說過一個名爲“紀臨舟”的男性，但沒有任何更多的細節。現在，方幼宜開始理解到，她所愛的人並不是一個完美的人，而是一個有着複雜過去的男子。
隨着他們的調查，他們終於發現了事故的原因，但他們也逐漸瞭解到，他們每個人的過去都包含着一些祕密。方幼宜和紀臨舟開始認識到，他們之間的關係是建立在一個共同的目標上，並且他們各自有自己的缺點，但它們並沒有破壞他們彼此之間的聯繫。
這是一次探索他們自身過去和情感的經歷，這讓他們變得更加瞭解自己，也更加瞭解彼此。他們開始瞭解到，愛不必請求，而是自然發生在兩個人的生命中。當他們面對複雜的問題時，他們可以依靠彼此。
然而，這樣的發展也帶來了新的挑戰，他們需要承認他們之間的關係可能不是理想的，但它們並不壞。他們每個人都有自己的缺點和錯誤，但它們並沒有毀了他們之間的愛情。